Theo dân gian truyền lại, chùa được hình thành từ khá sớm, gắn liền với quá trình cư trú sinh sống và phát triển của cộng đồng dân cư trong vùng. Đời vua Thành Thái, chùa được tu sửa lại, là nơi cúng lễ, thờ Phật của dân làng. Những năm kháng chiến chống Pháp, chùa bị dỡ nhiều công trình xung quanh. Thời chống Mỹ (năm 1968), chùa được Nhà nước sử dụng làm nơi sản xuất và chứa vũ khí, đạn dược phục vụ cho kháng chiến. Trận mưa lịch sử năm 2008 khiến chùa bị sạt lở phân hậu cung. Đến năm 2009, chùa được xây dựng lại trên nền chùa cũ.
Trải qua nhiều biến động của lịch sử, chùa đã được trùng tu, tôn tạo qua các triều đại khác nhau nhưng vẫn giữ được nét kiến trúc truyền thống đặc trưng của chùa làng Bắc Bộ.
Chùa Phù Xá Đông (Hưng Long Tự)
Chùa Phù Xá Đông còn bảo lưu được một bộ di vật có giá trị lịch sử, văn hoá và nghệ thuật cao với nhiều loại hình và chất lượng khác nhau như: Bộ tượng tròn với 40 pho lớn nhỏ, 3 bức đại tự sơn son thếp vàng niên hiệu Tự Đức, Thành Thái. Một chuông đồng niên hiệu Minh Mệnh 4 (1823), trên câu đầu của Tiền đường có ghi dòng niên đại dựng thượng lương vào thời Thành Thái (1889 - 1907); cây nến đồng, bát hương đồng, lục bình vẽ lam; các hoành phi, câu đối mang niên đại từ thời Nguyễn, cho thấy vai trò và vị trí quan trọng của chùa trong đời sống tâm linh của nhân dân Phù Xá Đông
Hằng năm chùa tổ chức nhiều hoạt động tín ngưỡng quan trọng như lễ Phật Đản, Vu Lan báo hiếu, Tết Nguyên đán các ngày rằm, mùng một âm lịch và các khóa lễ cầu an, cầu siêu. Những dịp này, người dân và phật tử thập phương về chùa dâng hương, lễ Phật, cầu mong bình an, sức khỏe và hạnh phúc. Những hoạt động này không chỉ đáp ứng nhu cầu tâm linh của nhân dân địa phương mà còn góp phần gìn giữ, lan tỏa các giá trị văn hóa tín ngưỡng truyền thống.
Năm 2007, chùa Phù Xá Đông đã được UBND Thành phố Hà Nội xếp hạng di tích kiến trúc nghệ thuật.
Với không gian thanh tịnh, nhiều hiện vật cổ và vị trí nằm trong vùng có nhiều di tích lịch sử – văn hóa của xã Nội Bài, chùa Phù Xá Đông có tiềm năng phát triển thành điểm đến trong tuyến du lịch văn hóa – tâm linh, kết nối với các di tích lân cận.